До складу УКРНДІЕП входять 11 лабораторій:
1.1.1. Сектор досліджень територій особливої охорони
1.2. Лабораторія проблем формування та регулювання якості вод
1.3. Лабораторія природоохоронних заходів в агропромисловому та паливно-енергетичному комплексах
1.4. Лабораторія еколого-аналітичних досліджень
1.6. Лабораторія міських і виробничих стічних вод
2.1. Лабораторія екологічно безпечного природокористування, засобів і методів моніторингу довкілля
2.1.1. Сектор екологічно безпечного природокористування населених пунктів і господарських об’єктів
2.1.2. Сектор засобів і методів моніторингу навколишнього природного середовища
2.1.3. Сектор інженерної екології
2.2. Лабораторія екологічної гідрогеології та оцінювання екологічного стану територій
2.3. Лабораторія охорони атмосферного повітря та систем управління відходами
2.3.1. Сектор розробки систем управління відходами
2.3.2. Сектор дослідження технологічних викидів забруднюючих речовин та еколого-енергетичного аудиту
2.4. Лабораторія радіоекологічної безпеки та радіаційного моніторингу
2.5.1.Сектор нормування екологічно безпечного природокористування








