Український науково-дослідний інститут екологічних проблем (УкрНДІЕП) був створений як Всесоюзний науково-дослідний інститут з охорони вод (ВНДІВО) відповідно до наказу Міністерства меліорації і водного господарства СРСР від 31 березня 1971 р. № 77 "Об организации Всесоюзного научно-исследовательского института по охране вод (ВНИИВО)" і рішенням колегії Государственного комитета Совета Министров СССР по науке и технике от 19 марта 1971 г. № 18 у 1971 році в м. Харкові на базі Харківських лабораторій Всесоюзного науково-дослідного інституту гідротехніки і меліорації ім. А.Н. Костякова.

Згідно з Указом Президії Верховної Ради України від 30 серпня 1991 року "Про передачу підприємств, установ та організацій союзного підпорядкування, розташованих на території України, у власність держави" i наказом Мiнприроди України № 40 від 29 листопада 1991 р. "Про прийняття союзних установ в підпорядкування Мiнприроди України" Всесоюзний науково-дослідний інститут по охороні вод “ВНДIВО” було виведено із складу Державного комітету СРСР по охороні природи i введено в підпорядкування Мiнiстерства охорони навколишнього природного середовища України зі зміною назви на Український науковий центр охорони вод “УкрНЦОВ”. У 1997 році у зв'язку з постановою нових наукових проблем назву “УкрНЦОВ” наказом Міністерства охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України № 24 від 25 лютого 1997 р. було змінено на Український науково-дослідний інститут екологічних проблем “УкрНДIЕП”.